中国科学院水生生物研究所（以下简称水生所）是国内唯一从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构，其前身是1930年1月在南京成立的国立中央研究院自然历史博物馆，1934年7月改组为中央研究院动植物研究所，1944年5月又分建成动物研究所和植物研究所。中国科学院成立后，于1950年2月将原中央研究院动物所、北平研究院动物学研究所、原中央研究院植物研究所藻类部门合并，组建水生所，所址上海。1954年9月迁至武汉。2001年进入院知识创新工程试点序列。2011年整体进入院“创新2020”试点工程。2015年率先进入特色研究所，2018年通过验收，正式进入运行阶段。